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該中心在深圳南山設實驗室，總建筑面積約800m2，并在深圳寶安區、廣州南沙等建立了以紅樹植物為主的濱海耐鹽植物種苗的研發和生產基地。中心下設水生態環境組、土壤微生物組、植物組等，擁有各類精密儀器，滿足研發人員開展檢測項目的資源配置需要。
集團與華南農業大學、深圳市龍崗區金融投資控股有限公司等合作組建了深圳市華農中綠生物科技研究院（有限公司），開展微生物技術和產品的研發和產業化。
中綠環境集團和北京大學深圳研究生院簽署合作協議，由集團出資共同開展“未來灣區生態環境工程關鍵技術研發”項目，針對海灣生態系統中嚴重受損的子系統，構建以人工引導為主的生物耦合修復技術體系。
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